Pembalap Italia itu kemudian berjuang keras untuk berada di urutan kedua di belakang Kenny Roberts Jr di kelas 500cc sebagai rookie. Kala itu, ia juga ribut dengan pembalap senegaranya Max Biaggi.
Sete Gibernau mengambil alih sebagai penantang kejutan pada 2003, diikuti oleh pembalap Gresini lainnya Marco Melandri, tetapi akhirnya Nicky Hayden yang mengakhiri gelar Rossi di tahun 2006.
Casey Stoner dan Ducati mengejutkan dunia MotoGP pada 2007, sebelum Rossi kembali ke puncak dunia pada 2008 dan 2009. Kala itu rekan setimnya (Jorge Lorenzo) adalah saingan utama The Doctor untuk pertama kalinya.
Marc Marquez, kemudian muncul sebagai kekuatan dominan MotoGP. Tapi pembalap yang paling diharapkan Rossi untuk jadi saingan adalah idola masa kecilnya.
"Lawan favoritku? Aku ingin balapan melawan Kevin Schwantz," kata Rossi pada SkySport.it.
"Sebagai seorang anak saya menonton era keemasan 500cc, dengan semua orang Amerika dan Australia dan dia selalu menjadi favorit saya. Akan menyenangkan membalap bersama Schwantz dengan Suzuki, dengan saya di Yamaha 500!"
Rossi tidak pernah mengendarai Yamaha era 2 tak. Ia memenangkan kejuaraan dunia 500cc terakhir dengan Honda NSR pada tahun 2000.
Sementara itu Schwantz memenangkan 25 grand prix antara 1988-1995, semuanya dengan Suzuki, ia juga mengklaim kejuaraan dunia 1993.
